Carlos de Habsburgo nació en Gante el 24 de Febrero de 1500. Hijo de Felipe I de Habsburgo (conocido con el sobrenombre de el Hermoso) y de Juana I de Castilla (conocida como Juana la Loca), reyes de Castilla y Aragón. Felipe era hijo del emperador Maximiliano I y de María de Borgoña y Juana de los Reyes Católicos. Tuvo un único hermano, Fernando, y cuatro hermanas (Leonor, Isabel, María y Catalina). Se desposó en 1526 con Isabel de Portugal, con la que tuvo cinco hijos (Felipe, María, Juana, Juan y Juan); además, fue padre de otros cinco hijos ilegítimos (Isabel, Margarita, Juana, Tadea y Juan conocido de niño como Jeromín, y posteriormente como D. Juan de Austria-).
Desde niño dio muestras de una rara inclinación a la política y la estrategia, sobresaliendo además en los ejercicios físicos. Tenía una innata pasión por la música, llegando a dominar la espineta, la flauta y otros instrumentos, además de ser muy buen cantor. Le gustaba poco el latín, nunca se aplicó en el griego y raras veces leía literatura antigua. Por el contrario, y debido a su azarosa vida política (fue un hombre que viajó mucho), llegó a dominar varios idiomas (francés, castellano, flamenco y alemán) y se defendía en otros (italiano y latín).
Desde su juventud, todo el mundo sentía su magnetismo y reconocía en él un caudillo superior a lo corriente entre los soberanos del momento. Bien preparado para entender a los demás, daba a sus servidores entero permiso para oponerle sus opiniones cara a cara y criticar su política y sus decisiones. Buscaba el contacto directo con sus adversarios, entre los cuales logró crear una atmósfera en que las cuestiones delicadas podían ser discutidas sin ofensa para nadie. Era superior a todos en las derrotas, en las que su frío juicio salvaba a sus tropas con una maestría que ganaba la confianza y la admiración de aquellas. Era de naturaleza amable, cortés y atento, atrayéndose la devoción de los que le servían. Indiferente a la gloria, comenzó a cansarse del poder y suspirar por la paz antes de la mitad de su carrera. En cuanto le fue posible, y nunca sin abandonar su deber, se separó del mundo, abdicando en su hijo Felipe II.
Su aspecto físico es perfectamente conocido gracias a los retratos, tanto en pintura (entre los que sobresalen los de Tiziano), como en escultura (donde destacan los de León Leoni), y a las descripciones de sus contemporáneos. El embajador veneciano Gaspar Contarini realizó una descripción muy detallada de su persona, cuando contaba veinticinco años:
"Es de estatura mediana, mas no muy grande, ni pequeño, blanco, de color más bien pálido que rubicundo; del cuerpo, bien proporcionado, bellísima pierna, buen brazo, la nariz un poco aguileña, pero poco; los ojos ávidos, de aspecto grave, pero no cruel ni severo; ni en él otra parte del cuerpo se puede inculpar, excepto el mentón y también toda su faz interior, la cual es tan ancha y tan larga, que no parece natural de aquel cuerpo; pero parece postiza, donde ocurre que no puede, cerrando la boca, unir los dientes inferiores con los superiores; pero los separa un espacio del grosor de un diente, donde en el hablar, máxime en el acabar de la clavícula, balbucea alguna palabra, la cual por eso no se entiende muy bien".
Tuvo una vida muy azarosa desde la infancia, que transcurrió en Flandes, donde recibió una educación típicamente flamenca, alejado de sus progenitores. Al morir su padre, en 1506, fue nombrado regente de los Países Bajos, si bien debido a su minoría de edad el cargo fue asumido por su abuelo Maximiliano, quien a su vez lo cedió a su hija Margarita de Austria, que fue tutora de Carlos y de sus hermanos. Al ser declarado mayor de edad, en 1515, fue nombrado Señor de los Países Bajos.
En 1516 su abuelo materno Fernando el Católico le nombró Gobernador de Castilla y Aragón, en nombre de la reina Juana I, incapacitada por su enfermedad. En 1516 viajó a España para tomar posesión de sus reinos, desembarcando en Tazones (Villaviciosa, Asturias). En 1519 muere su abuelo el emperador Maximiliano, por lo que tuvo que viajar precipitadamente a Alemania para participar en la elección imperial. Reunió las Cortes en La Coruña para sufragar los gastos en la elección como emperador, dejando como regente a Adriano de Utrecht. Las ciudades castellanas muy descontentas con la administración realizada por los colaboradores borgoñones del rey se opusieron y exigieron la presencia del rey en Castilla, lo que produjo el levantamiento de las Comunidades, las cuales fueron derrotadas en la localidad de Villalar (Villalar de los Comuneros, Valladolid). Además de la sublevación comunera tuvo que afrontar la revuelta de Las Germanías en Valencia, donde no le había dado tiempo a jurar las Cortes, revueltas populares que duraron hasta 1523. Aprovechando la coyuntura, Enrique II de Navarra, apoyado por el rey Francisco I de Francia, intentó recuperar su reino. La sublevación fue sofocada en poco tiempo, aunque se perdió la Baja Navarra a manos de Francia.
En 1519 consiguió la elección del Sacro Imperio Romano Germánico, en competencia con Francisco I, lo que le supuso un gasto enorme, sufragado por Castilla y por algunos banqueros alemanes, y una gran rivalidad con Francisco I de Francia que, a partir de este momento, se convierte en su principal enemigo. Entre los años 1521 y 1544 sostuvo cuatro guerras con Francia, a la que reclamaba Borgoña y que pretendía el control del Milanesado, en poder del Emperador. En las dos primeras (Guerras italianas) el Emperador obtuvo una clara ventaja, destacando como hechos de armas la batalla de Pavía (1525), en la que Francisco I fue capturado, y el Saco de Roma (1527), mientras que en las dos últimas el resultado fue más igualado, destacando la sublevación de Gante en 1537, la ciudad natal del Emperador, por negarse a pagar los impuestos para sufragar la guerra, que fue duramente reprimida. Agotados ambos contendientes, firmaron la Paz de Crépy (1544), donde España perdió territorios del norte de Francia y ésta renunció definitivamente a Italia y a los Países Bajos.
En 1519 consiguió la elección del Sacro Imperio Romano Germánico, en competencia con Francisco I, lo que le supuso un gasto enorme, sufragado por Castilla y por algunos banqueros alemanes, y una gran rivalidad con Francisco I de Francia que, a partir de este momento, se convierte en su principal enemigo. Entre los años 1521 y 1544 sostuvo cuatro guerras con Francia, a la que reclamaba Borgoña y que pretendía el control del Milanesado, en poder del Emperador. En las dos primeras (Guerras italianas) el Emperador obtuvo una clara ventaja, destacando como hechos de armas la batalla de Pavía (1525), en la que Francisco I fue capturado, y el Saco de Roma (1527), mientras que en las dos últimas el resultado fue más igualado, destacando la sublevación de Gante en 1537, la ciudad natal del Emperador, por negarse a pagar los impuestos para sufragar la guerra, que fue duramente reprimida. Agotados ambos contendientes, firmaron la Paz de Crépy (1544), donde España perdió territorios del norte de Francia y ésta renunció definitivamente a Italia y a los Países Bajos.
También sostuvo guerras contra los piratas norteafricanos y contra los turcos por el control del Mediterráneo. En 1516 el pirata Aruj Barbarroja expulsó a los castellanos de Argel, que intentaron recuperar la ciudad. El gobernador español de Orán derrotó y mató a Barbarroja en Tremecén y su hermano Jeireddín (igualmente denominado Barbarroja), se proclamó rey de Argel. El Emperador intentó recuperar esta plaza pero fue derrotado por Barbarroja en 1532. En este mismo año acudió a Viena en auxilio de su hermano Fernando, sitiado en la capital austriaca por el sultán turco Solimán el Magnífico, que se vio obligado a retirarse. Barbarroja se alió al sultán turco, quien le nombró almirante de la flota, conquistando Túnez en 1534.
Esta ciudad fue recuperada por el Emperador en 1535, pero fracasó en la toma de Argel en 1441, debido a la destrucción de parte de la flota por una tormenta. El desastre de Argel, minó su prestigio militar, además de obligarle a renunciar a la hegemonía del Mediterráneo occidental, conformándose con un equilibrio de fuerzas con la marina turca, que realizaba frecuentes incursiones en el Levante español y en Italia.
En la primera mitad del siglo XVI se produjo una gravísima crisis religiosa, que supuso la división de la Iglesia Cristiana entre católicos y protestantes. Dicha crisis comenzó en el mismo centro del Imperio, impulsada por el monje alemán Martín Lutero. Lutero se vio obligado a enfrentarse con el Emperador, que se consideraba cabeza de la Cristiandad, en cuanto a defensor de la fe frente a los infieles. En 1514 Lutero se reveló, por varias causas, contra al autoridad papal, siendo el detonante la venta de indulgencias destinadas a la construcción del Vaticano, empezando a formular las nuevas doctrinas. El Papa le excomulgó en 1520, con lo que obligó al monje a separarse definitivamente de la Iglesia.
Ante el avance de las doctrinas luteranas, el Emperador convocó en 1521 la Dieta de Worms, donde Lutero fue condenado. La doctrina luterana caló pronto en un buen número de príncipes alemanes, dado que dicha doctrina asumía la necesidad de que la Iglesia se debía desprender de las posesiones territoriales. En 1529, en la Dieta de Espira el Emperador intentó una política de acercamiento con los luteranos por lo que se decidió la tolerancia del luteranismo en aquellos lugares donde ya estaba establecida, pero no podía extenderse a otros lugares del Imperio, decisión que fue protestada por los príncipes luteranos, a los que a partir de entonces se les denominó protestantes. En la Dieta de Augsburgo, de 1530, el Emperador intentó atraer a los luteranos al catolicismo por conciliación, aunque fracasó.
En 1531 los luteranos hicieron un partido político, la llamada Liga de Esmalcalda, dotado de un ejército y de una caja común. El Papa y el Emperador para intentar resolver el problema protestante, y reconociendo la necesidad de la reforma, convocaron el Concilio de Trento. En las disposiciones iniciales del Concilio se pedía a los príncipes cristianos que lucharan por la unión de la Iglesia. Los príncipes luteranos se negaron a reconocer al Concilio, lo que motivó el comienzo de la guerra en 1546. En el año 1547 los luteranos fueron vencidos en la Batalla de Mühlberg, aunque poco tiempo después se reorganizaron, aliándose al rey Enrique II de Francia, y en 1552 el Emperador estuvo a punto de ser apresado en Innsbruck. La guerra finalizó en 1555, con la Paz de Augsburgo, donde el Emperador concedió a los príncipes luteranos libertad de culto, reconociéndoles la propiedad de las tierras secularizadas de la Iglesia, aunque quedaron prohibidas nuevas secularizaciones y los católicos podían seguir practicando su religión en los estados protestantes.
El Emperador fracasó en su intento de un imperio universal, en la reconquista de Borgoña y en no haber impedido la consolidación de la doctrina luterana. Pero había consolidado el dominio español en Italia y Castilla había conquistado y colonizado un gran número de territorios en América.
El Emperador, enfermo y prematuramente envejecido por su azarosa vida y hábitos alimenticios poco saludables, abdicó en Bruselas en un proceso que se desarrolló a caballo de los años 1555 y 1556, dejando España y sus posesiones a su hijo Felipe y el Imperio a su hermano Fernando. En 1557 desembarca en Laredo (Cantabria), para viajar al que sería su retiro definitivo en el Monasterio de Yuste (Cuacos de Yuste, Extremadura).
Carlos de Habsburgo murió en el Monasterio de Yuste el día 21 de Septiembre de 1558, a la edad de 58 años.